Babası Melikşah, annesi cariye kökenli Taceddin Seferiyye Hatun’dur.[1] Babasının bir seferi sırasında, 1086 yılında Sincar’da doğdu. Babası 1092’de öldüğünde henüz küçüktü. Melikşah’ın ölmesi ile Büyük Selçuklu Devleti bir anarşi içine girdi.
Melihşah’ın eşi Terken Hatun, Melikşah’ın küçük yaştaki oğlu ve Sencer’in kardeşi I. Mahmud’un sultanlığını ilan etti. Melihşah’ın büyük oğlu olan Berkyaruk ise taraftarları tarafından Rey şehrine kaçırılıp Sultan ilan edildi. Bunun üzerine Berkyaruk ve I. Mahmud güçleri arasında 17 Ocak 1093 Burûçird’de yapılan savaşta Berkyaruk galip geldi. Ahmet Sencer ve Berkyaruk’un amcası olan Tutuş, Suriye’ye ilerleyerek Şam ve Halep şehirlerini eline geçirip Suriye Selçuklu Devleti’nin kurucusu oldu. Tutuş, Berkyaruk’un elinde bulunan İran arazilerini de ele geçirmek üzere Berkyaruk’a hücum ettiyse de 26 Şubat 1095’te Rey’de Berkyaruk ile yapılan savaşta yenildi ve öldü. Böylece Berkyaruk tek sultan oldu ancak zaman zaman ya kardeşleri ya da onların varislerinin ayaklanmaları ve tehditleriyle karşılaştı.1097’de Sultan Berkyaruk, 12 yaşında olan kardeşi Ahmed Sencer’e Merv şehrinde merkezi olan Horasan valiliğini verdi. Ahmed Sencer bundan sonra 1097-1118 döneminde hemen hemen 20 yıl devamlı olarak Horasan’ı idare etti ve Horasan’da Büyük Selçuklu Devleti’ne bağlı Horasan Selçuklu Devleti sultanı oldu. 26 Şubat 1105’te Sultan Berkyaruk öldü. Sultan olmak için kendine varis olarak daha yaşı küçük oğlu olan Müizzeddin Melikşah’ı seçmişti ve o II. Melihşah olarak Selçuklu Sultanı oldu.
Horasan valisi olan Ahmet Sencer, yeğeni II. Mahmud’un sultan olmasını ve kendisinin de yeğenine bağlı olarak Horasan’ı idare etmesini kabul etmedi. Horasan’da Ahmet Sencer Sultan olarak ilan edildi. Sencer Horasan’daki ordusuyla Irak’a, II. Mahmud’un üzerine yürüdü. Sencer ve Sultan II. Mahmud arasında yapılan muharebede Sencer galip geldi ve kuzenine büyük zayiat verdirdi. II. Mahmud önce çok iyi savunmalı “Saveh” şehrine kaçtı. Fakat amcası Sencer ile bir anlaşmaya girmesinin elzem olduğunu anladı. Önce vezirini Sencer ile müzakerelere gönderdi ve bir anlaşma ortaya çıktıktan sonra da şahsen Sencer huzuruna çıktı. Bu anlaşmalara göre II. Mahmud, Sencer’in Büyük Selçuk Sultanı olduğunu kabul etti ve ona biat etti. Sultan Sencer de II. Mahmud’u Irak, Azerbaycan ve batı İran üzerinde kendine tâbi alt sultan olarak tayin etti. II. Mahmud kendi idaresi altından bulunan arazilerde hutbelerde isminin Sultan Sencer’den sonra söylenmesini kabul etti. Böylece II. Mahmud 1118’de, sonradan Irak Selçuklu Devleti adı verilen tabi devletin alt hükümdarı oldu. Ancak Sultan Sencer 1157’de öldükten sonra Irak Selçuklu Devleti bağımsız oldu. Bağdat’ta bulunan Abbasi halifesi Mustarşid Sultan Sencer’e “Emir-i Müminin (Müminler Emiri)” unvanını verdi.
Sultan Sencer’in karısı Türkan Hatun Sultan, Oğuzlar tarafından salıverilmesinden hemen önce 1156’da ölmüştü. Sultan Sencer ile Türkan Hatun’un iki kız çocuğu bulunmaktaydı ve her ikisi de kuzenleri olan II. Mahmut ile evlenmişlerdi. Sultan Sencer sonra Sultan Mesud Demirek’in dul karısı olan ve Gürcistan Kralı I. Demetre’nin kızı Rusudan ile evlilik yaptı ama bu evlilikten çocuğu olmadı.
Atsız ise oğlu II. Arslan’ı varisi olarak seçtikten sonra 1156’da vefat etti. Sultan Ahmet Sencer, 8 Mayıs 1157’de hayata gözlerini kapadı ve Merv’de bulunan türbesine gömüldü.
Sultan Sencer’in ölümünün hemen ardından Horasan ve Maveraünnehir arazileri Harezmşahlar’ın kontrolü altına girdi.
